פרוטונים נמצאים בתוך גרעין האטום. הם קטנים פי אלפי מונים מהאטום עצמו. הם מורכבים משני קווארקים מסוג "למעלה" ומקווארק "למטה" אחד. לכן, המטען החשמלי של הפרוטון הוא: 2/3+2/3-1/3 = 1